François est le tout premier homme à recevoir les stigmates, plaies qui ont marqué le corps de Jésus. En prière sur le mont Alverne, il voit apparaître le Christ dans la position du crucifié et doté des six ailes d’un séraphin. Par cette identification corporelle, et pour sa vie exemplaire de pauvreté, saint François est considéré comme l’alter Christus, l’autre Christ. L’épisode est emblématique de cette participation individuelle et affective avec les souffrances du Christ qui est au cœur de la spiritualité franciscaine.

L’évènement a pour témoin frère Léon effaré. Les lacunes picturales au niveau du moine ont été compensées par la technique du tratteggio, retouche sur mastic blanc constituée par des traits juxtaposés, parallèles et de couleurs pures. Cette technique apparue après 1950 a été employée pour restaurer de nombreuses œuvres de Primitifs Italiens.